En 1517, Martin Luther rédigeait ses 95 thèses qui entrainèrent la rupture avec la papauté, marquant ainsi les débuts de la Réforme. C’était l’aboutissement d’une remise en question du rôle de l’Eglise, qui peinait à répondre aux nouvelles aspirations des fidèles. Le retour à l’Evangile, la pauvreté du clergé, la vente d’indulgences, la mise en cause de la primatie romaine et la part donnée à la spiritualité personnelle constituaient quelques-unes des grandes questions soulevées depuis deux siècles.
Le conflit entre l’autorité temporelle du pape et les Etats modernes qui s’affirmaient constituait aussi un terrain favorable, de même que l’effervescence intellectuelle suscitée par l’Humanisme. Se mêlent aussi des questions politiques : en 1529 les princes protestent contre Charles Quint, les Protestants. De Luther à Calvin, les réformateurs vont remettre en cause tant les pratiques que la théologie traditionnelle, de l’achat des indulgences à l’Eucharistie. Ainsi l’électeur de Saxe, Frédéric le Sage, suit et protège Luther, alors qu’il possédait pourtant 17 443 reliques censées lui épargner 128 000 ans de purgatoire… De nouvelles Eglises vont naître, divisant la Chrétienté, entraînant la rupture de certains Etats avec Rome.